如果把高校的校舍和师资队伍比喻成计算机的硬件，那么高校内部的治理结构就如同计算机的操作系统。硬件条件相同的高校由于所运行的治理结构不同，导致发展状况差异极大，就如石墨和金刚石虽然均为碳元素，因其结构不同，导致其功能迥异。正因如此，以高校治理结构为核心内容的大学章程建设成为领导高度重视、社会广泛关注、高校普遍认可的大事，并将其作为实现办人民满意的高等教育的前提和基础。因此，地方高校的党委书记和校长在章程制定以及在按章程治理学校的实际运行中，都必须有效地、科学地平衡学校内部治理中的十大关系，而如何准确地落实高校党委的职责和校长的职权又是处理好其他关系的关键。
一、高校党委的职责与校长职权间的关系
习近平同志到北京大学、清华大学和中国人民大学调研时指出，党委领导下的校长负责制必须长期坚持并不断加以完善，既发挥党委总揽全局、协调各方的领导核心作用，又坚持和保证校长按照高等教育法的规定，积极主动、独立负责地开展工作。这将成为我国普通公办高校在学校章程建设和高校治理中必须长期坚持的指导思想。
如何全面理解党委领导和校长负责之间的关系，是我国高校长期以来面临的问题，就地方高校的现状而言，需要继续提高认识。党委是一个集体，党委的决定是集体的决定，决策方式是少数服从多数甚至票决制。党委的职责是保证学校沿着党和国家的要求办学，正因如此，重要机构设置、重要人事任免、重大事项决定、大额经费使用尽管许多是由校长提出来的，但要通过党委这个集体研究和决策，用集体的智慧来弥补校长个人智慧的不足。校长的职权是带领行政班子去实现党委所确立的目标、完成党委所决策的重大事项。值得强调的是，第一，党委集体领导对校长来说应该是一个再好不过的制度了，因为校长个人不会承担重大事项决策的责任，校长理应积极主动地将“三重一大”的事项提交党委常委会研究才好。第二，党委领导下的校长负责制更能使党委书记处于相对超脱的位置，能更好地将宏观意识、 发展意识与权力意识有机地统一起来。第三，《高等教育法》赋予校长的各项职权，校长应将其理解为是赋予以校长为首的整个行政班子的。校长在办公会上应充分听取班子成员的意见。如果校长大权独揽，往往调动不了副校长的积极性，必然会使自己处于被动局面。因此，校长不仅要有责任心，而且也要有民主意识和民主的工作作风。
在高校内部治理中，干部任免和内部机构设置的程序问题常常是党委书记和校长发生矛盾的根源。这需要党委书记和校长按照《高等教育法》和《普通高等学校基层组织条例》的精神给予科学的处理。关于干部任免问题，《高等教育法》对党委的规定是：“研究决定内部组织机构负责人人选”，对校长的规定：“推荐副校长”、“任免内部组织机构负责人”。由此可见，干部的推荐权属于校长，至于校长推荐的干部能否被使用，需经党委研究决定，党委研究决定后的任免权属于校长。根据干部管理权限，高校党委研究决定处级干部。关于科级干部，实践中有两种模式，第一种，科级干部的推荐是由校内处级机构的负责人或所在单位民主推荐，学校的工作机构是人事处，研究决定的会议是校长办公会（此事项实行票决制）。 这样做的理由是：每个部门对自己的二级机构的负责人应有推荐权；组织部管理的处级干部任务已经很重，不宜再管理科级干部；学校重要的会议只有四个：党委全委会、党委常委会、校长办公会和教职工代表大会，按干部研究权限的规定，科级干部的研究决定权自然应在学校办公会上，地方高校的校长本身就兼任党委副书记。 第二种模式，科级干部与处级干部管理方式完全一样。 笔者赞同第一种模式，第二种模式既不符合《高等教育法》的精神，也不符合干部管理权限的规定，因管理幅度太宽，往往只注重任命而忽视了培养和教育。关于内部机构设置，高等教育法规定党委“讨论决定内部组织机构”，规定校长“拟定内部组织机构的设置方案”。校长们往往认为：与干部管理权限相连，内部组织机构是限指学校处级中层机构，因而其他机构的设置就是校长们的职权，校长通过办公会完成即可；而党委书记们往往认为：内部机构指所有的机构，任何机构的设置均要通过党委会的研究决定。笔者认为，从分权治理的角度，科级机构和其他无行政级别的校内机构由校长办公会研究决定，有利于保证校长依法治校理政职权的落实。
二、学术权力与行政权力间的关系
高校行政权力既包括以校长为首的行政班子的权力，也包括党委的权力。高校要健康快速的发展需要行政权力，这正如战争太重要了不能全由将军说了算一样。学术权力是学者从事教学和从事研究的权力以及对教学和研究评价的权力。行政权力是为学术权力服务的，这是大学的组织目标所决定的。行政权力的绩效是要体现在教师更有成效的教学和科研上、学生更有成效的学习和成长上。如何来实现上述理念呢？充分发挥高校学术委员会的作用是有效途径。学术委员会可下设学位评定委员会和教师职务评审委员会，要通过三个委员会来体现学术权力在学校学术管理事务中的地位和作用，最核心的问题是这三个委员会的人员构成。校学术委员会主任原则上应由一位“懂学术、负责任、重人才、没私心、有魄力”的学者担任，其成员应当是各个学科学术地位较高、人品好的学者。学位评定委员会主席依法应由校长担任，委员由各学科学位评定分委员会主席担任。教师职务评定委员会主任应由学术委员会主任或校长担任，成员应在各学科职称评审委员会的委员中任抽一位担任，每年应有变化。
为了更好地处理学术权力与行政权力间的关系，从事党务管理和行政管理岗位的人员应走职员制的通道，不参与和一线教师的职称竞争，不与一线教师竞争学术资源。为此，学校在制度设计中要打通职员晋升通道，使得从事党务管理和行政管理的人员也有事业发展的空间。
三、二级学院院长的职权、党总支的职责、教授会的作用间的关系
在二级学院过去的管理体制中，往往出现两种模式：一种是“院长负责制”，这种情况大多出现在较高水平的高校中；一种是模仿学校的领导体制，形成“党总支领导下的院长负责制”格局，这种情况大多出现在党委书记从地方转任到高校的少数新建院校。新颁布的《中国共产党普通高等学校基层党组织工作条例》明确指出，二级学院的管理实行“党政联席会议”制度，使长期困惑高校二级学院的问题得以解决。二级学院的重大事项的处理是通过党政联席会来研究的。重大事项主要指师资队伍建设规划、专业设置方案、师生奖励政策制定、大额经费使用以及本单位干部队伍建设和培养等。凡属行政工作的议题，党政联席会由院长主持，凡属党务工作的议题。党政联席会由总支书记主持。
二级学院的院长要对人才培养的质量、科学研究的水平、服务地方的能力负总责， 二级学院的党总支对学院的运行起监督保证作用。保证学校的各项方针政策能在本单位得到贯彻和落实。对师生的思想政治工作负主要责任，
二级学院作为高校的基层学术组织，更要充分发挥教授委员会的作用，使那些学术造诣深、深受师生拥戴的教授在学院学术事务和重大的行政事务中拥有充分的话语权。二级学院党政联席会就学院重大问题讨论形成成熟方案后，还需提交教授委员会通过。当党政联席会的方案得不到教授委员会认可的时候，院长应采用辩论的方法与教授委员会成员进行交流。只有这样，学术权力在基层学术组织中才能够得到充分的尊重，才能形成“一切创新的愿望能得到尊重、创新的活动能得到支持、创新的成果能得到奖励、创新的源泉才能汹涌奔流”的局面。在这一局面形成中，院长要起到主导作用，总支要起到监督保障作用。
教授委员会由5-7位德高望重的教授组成（新建院校的二级学院如果教授少也可让部分具有博士学位的副教授参加），其成员由全体教职工选举产生，任期3年，通过选举可连任一届。为了实现二级学院利益相关者间的制衡，二级学院党政班子的年度考核由教授委员会负责，全体教职工的年度考核由党政班子负责。而教授委员会的考核则由全体教职工来完成。
四、高校职能部门负责人与二级学院负责人间的关系
学校的职能部门是代表学校在履行校党委的职责和校长的职权，其职责主要体现在以下六个方面：设定目标、监督考核、研究政策、对外联络、宏观调控、公共服务。
在高校，二级学院是学校的办学主体，它们的工作业绩直接表现为学校在人才培养、科学研究、社会服务和文化传承创新等诸多功能上的影响力。学校职能部门制定的各项政策均是直接服务于二级学院及其附属的研究机构的。如果学校政策导向不正确，职能部门的负责人将会以一个管理者甚至领导者的身份出现在二级单位面前，这样往往会伤害二级学院及其研究机构管理者的积极性，也会让二级学院及其研究机构负责人纷纷向机关涌进，犹如大家都想做粮站的管理人员而不想成为粮食的生产者。一个好的高校，是应将人们的注意力引向创造而不是引向分配。
为此。 学校必须充分调动二级学院管理者的积极性，为他们实现做教育家的梦想搭建平台。只有二级学院负责人做教育家梦想的潜能充分发挥出来了，才能成为所在二级学院（含所附研究机构）教师们的真正带头人。学校制定什么样的激励机制，才能使二级学院负责人充分发挥自己的积极性和创造性呢？一是对二级学院（含研究机构）的业绩建立科学的评价机制，使得他们的贡献能够得到学校和全校教职工的认可；二是要为他们在管理上的潜心付出给予适当的弥补，例如建立每三年一学期的学术假制度；三是提供较为优厚的福利待遇，其业绩绩效标准要比机关处长高。
五、教学科研人员与行政管理人员间的关系
这些人员间的关系既是因分工不同，更是因各自在大学中所担当的责任和使命不同，所以对各自的要求不同，所享受的待遇也自然不同。学校在制定运行安排时，要做到“各进其道、各履其职、各享其薪”。
如何调动在一线工作的教师的积极性，使他们能潜心于教育教学、科学研究，使那些为学校发展做出贡献的一线教学科研人员成为学校当然的主角，是学校治理中的重中之重。由于他们所承担工作的专业性甚至不可替代性，他们应该享受较为优厚的福利待遇。一个学校办学水平的高低直接由其教学科研人员队伍的水平来决定，他们的水平又受其享受的福利待遇影响：学校给教师的福利待遇越高，就能引进更高水平的教师，也能留住更多高水平的教师，学校的教学科研实力就会越强。学校的行政人员是直接为教学科研服务的，他们服务的质量和水平也将直接影响到教学科研的绩效。因此，充分发挥行政人员的积极性，也是学校治理中必须重视的一项任务。后勤人员大多是学校聘任的员工，处在服务师生的最前线，他们的工作态度、服务质量在一定程度上能反映出一个学校的行政管理水平。
如果学校的政策不科学，导向不正确，将导致相当多数量的优秀教师千方百计地想挤进职能部门工作，认为职能部门工作人员既能“旱涝保收”，用业余时间做研究，又能掌握诸多的有利资源。而二级学院和科研单位的待遇是与绩效挂钩的，需要努力才可能有收获，况且一线的教师掌握的外部内部学术资源也极其有限。反之，如果政策太偏向教学科研，将导致大量高素质的行政人员离开管理岗位，使得学校管理队伍人员的素质下降，学校职能部门在履行职责时就可能会出现低效率、低水平。制定什么样的激励机制，既能调动二级学院和研究机构等一线教师的积极性，又能保持职能部门工作人员的积极性不被削弱，就是学校党委书记和校长的重要职责。一方面，人各尽其才$各显其能是一条最为重要的原则。另一方面，使职能部门工作人员与一线教师在待遇上保持一个适当的比例关系也是十分重要的。例如，相同当量系数的行政管理人员的待遇是教学一线教师的85%左右的比例，在运行中能起到有效的平衡作用。
六、教职工利益与学生利益间的关系
大学的声誉既来源于其教师在各个舞台上的杰出展示，更来源其一批批富有成就的校友。因此，作为大学来说，一方面要为教职工的发展搭建平台，保障教职工的切身利益；另一方面，要为学生更好的成长创造条件，确保学生的利益不受损失。教职工的利益是自身能得到发展和享受好的福利待遇；学生的利益是享受很好学习的资源、很好的生活条件。这两者之间既是矛盾的，更是统一的。说是矛盾的，是因为一个高校每年的总经费是一定的，为了实现学生的利益，花在学生们身上的经费越多，在一定程度上就会影响教职工的福利待遇；为了实现教师的利益，花费在教职工身上的福利待遇越多，那么花在学生身上的自然就会减少。
学校的各项政策的制定，就是要实现两者的统一，把经费体现在提高质量上。 比如，如果把更多的经费用在教学上，在一线从事教学的教师收入就会增加，教师上好课的积极性也就会越高。在此基础上，若学校再加大对教学质量的监控力度，教学效果就会越好，学生就能享受到高质量的课程，从而学生的利益也就得到了根本的保障。再如，如果学校花更多的经费在引进高水平的师资上，学校的综合声誉就会逐渐提高，在校学生和毕业校友就会直接或间接受益，因而学生的利益就会得到更高程度的实现。
七、教学工作与科研工作间的关系
教学工作是高校实现人才培养功能的重要途径，通过教学这一主要形式来传授知识和传播人类文明，从而培养新人。所以，许多大学校长把“教学视为大学教师的第一学术”，没有教学工作，这样的组织就不能称其为大学。科研工作是大学教师对学科未知领域的探索，高水平的教学只有在浓郁的研究环境中才能产生。 什么样的大学是高水平的呢？当科研成为了教师的一种教学模式、科研成为了学生的一种学习方式的时候，这样的大学一定就是一所高水平的大学。因为在这样的大学里培养的新人，他们不仅能获知学科前沿的知识，还能清晰地看到新知识诞生的轨迹，使他们的成长与新知识的诞生同步。从另一个视角来说，大学是科技革命的动力站、是社会进步的轴心组织。大学通过其教师的科研成果直接推动经济社会发展，这既是大学的使命，更是大学获得现代社会广泛认同的重要前提。因此，人才培养和科学研究对大学而言，犹如车之两轮、鸟之两翼，教学工作和科研工作都是一个教师的基本职责。但作为不同的老师，在教学和科研上的能力是不同的，作为一个教师，其在教学上和科研上所分配的时间又是矛盾的。
在较高水平的高校，由于教师承担了众多的科研项目，加之科研与自己的经济收入、职称评审、行业中影响力密切相关，所以教师“重科研轻教学”的倾向难以避免。相反，在大多数地方院校特别是新建院校中，其教师难以承担更多的更高水平的科研项目，加之科研不是付出了就一定能获得收益，所以许多教师不会将很多精力放在科研上，甚至出现轻视科研的倾向，这在民办院校尤其突出。   
如何使得两者统一起来就是高校校长的重要职责。无论是在“重科研轻教学”的较高水平高校，还是在“轻科研重教学”的地方院校或新建院校里，教师的岗位均可设置三类：教学岗、科研岗、教学科研岗。对每一类岗位明确其职责，并将责权利统一起来，使每一位教师根据自己的特长和岗位职责选岗。在轻教学的大学里，专职科研岗的条件可以设置更高的入门条件；在轻科研的院校里，专职科研岗的条件可以设置得较低些。由于大学的基本职责所在，无论哪类高校，选专职科研岗的教师均应该给本科生做学术讲座$指导毕业论文，让其研究成果或前沿的发展概况能够惠及全校或者本学科的本科生。还值得特别指出的是，潜心研究教学方法、探索人才培养规律，本身就是科研工作。对高校而言，高等教育理论与实践的研究，更是引领高校快速健康发展的最佳策略。
八、党务干部与行政干部间的关系
在我国高校的干部队伍中既有党务干部，也有行政干部。对于地方高校特别是新建的地方高校而言，大多数人愿意做党委系统的干部，一来没有太多的硬性任务要完成，二来地位相对而言较高。 出现这种倾向性的原因是：这些高校特别是处于地市州的高校，其学校组织关系隶属于地方党委，而在地方，党委系统的干部与行政系统的干部在管理上是有区别的，往往是先做行政的领导，后再转到党委系统担任同级别的领导职务，这个过程是被作为升职对待的。在老牌的本科院校特别是一些高水平的大学，干部们往往不愿意在党务系统，因为在行政系统工作往往能直接与自己的专业联系起来，同时许多工作能够直接见到成效$体现出业绩。
 对此，高校党委和校长要在制度安排上做到一视同仁，老牌本科院校特别是一些高水平高校的校长，对党务系统的干部要给予真情的关怀，设立校内的党建研究专项，支持他们逐渐变成一个学者型的党务工作者。校长在经费预算时，还应按教职工党员数，给足基层党组织的工作经费。党务工作做好了，也能给行政工作增添活力。同时，高校的党务工作必须围绕学校的中心工作来开展，切忌搞一些师生不喜欢又不能体现大学本质和特征的形式主义。党委书记和校长应该高度重视高校的思想政治工作，要在针对性、有效性和科学性上着力。地方院校特别是新建院校的党委书记和校长，在激励机制上也要坚守大学的组织特征，不要一味地去模仿地方党委的管理模式，应将人们的注意力更多地引向创造而不是权力分配。
九、学校的长远目标与中短期任务间的关系
大学是一类基业长青的社会组织，任何一个大学必然会涉及长远目标、中期目标和短期目标。长远目标就是一个大学的使命$就是一个大学的愿景，应该在大学的办学理念上鲜明地体现出来。中期目标和短期目标要符合学校的愿景、符合学校所确立的办学理念。 但由于我国高校的书记$校长均实行任期制，而科学合理地评价高校党委书记和校长的业绩方案还没有建立起来，加之高校主要领导离教育家的要求还有不小的差距，他们往往受整个社会环境的影响，不太注重长远规划，不太注重学校的可持续发展的战略。
笔者在maryland大学系统的College Park校区研修时， 其校长Wallace D.Loh在谈到大学校长的使命时指出：“校长的职责是带领全校的教师走向这个大学15年后应该在的地方，但是现在有许多教师不愿意跟你走，你的任务就是用辩论的方法，使得愿意跟你走的人越来越多。”在全社会实现“中国梦”的今天，大学作为人类社会的精神家园，更应该有自己的梦想，大学的党委书记和校长更应该是全校师生及所在地区社会公众梦想的播种机、梦想的宣传员。
十、改革、发展、稳定间的关系
改革、发展和稳定三者之间相互依存、互为条件。第一，发展是目的，是硬道理。任何一所大学的发展均要在增强学科实力、提高人才培养质量、实现社会服务功能等方面着力，从而提升综合声誉。第二，改革是动力。改革是学校事业发展和教师发展的强大动力，是学校管理制度的自我完善。改革还应为高校的长远发展和可持续发展打下坚实的基础。第三，稳定是前提。无论是改革还是发展都需要有一个相对稳定的校园环境、稳定的政治和社会环境。唯有如此，教师才能全身心地投入到教学和科研之中、行政人员才能全身心地投入到管理工作之中。改革是为了发展，稳定也是为了发展。《等教育法》第四十一条第一款规定， 高等学校校长的主要任务之一是拟订学校发展规划，并要制定具体规章制度去保障规划的实现，同时还要通过制定年度工作计划去分解发展规划，并带领全校教职工去实现发展规划。由此可见，发展成为了校长的核心使命。目前，我国高等教育正迎来了一个前所未有的安全稳定期，在这个时期，高校如何深化改革$加快发展，为建设创新型国家和人力资源强国做出积极的贡献，已成为高校党委书记和校长的重要使命。在高校的现实管理中，校长将发展与改革看得更重要一些、党委书记将稳定看得更重要一些。一个成熟的高校主要领导，应是一手抓稳定，一手抓改革和发展，并且两手都要硬。
“良好的治理结构”是一所大学成为好大学的五大要素之一，处理好上述十个关系，是构建良好的治理结构的基础。为此，高校的党委书记$校长以及全体管理者，需要对“办什么样的学、培养什么样的人”有一个清醒的认识，从而对高等教育的理念如何更新、高校内部治理结构如何改革、人才培养模式如何创新等有属于自己的符合高等教育规律的科学把握，进而对高等教育在实现“中国梦”的伟大历史进程中应担负的使命和责任有自己的担当。